日本最初的反应认为该消息有误，原因是日美的雷达系统并未追踪到该卫星的轨迹。日本时间8时35分，日本防卫省大臣田中直纪召开临时记者会称，确实有发射的迹象，但卫星在飞行1分钟后就坠海了，对日本领海领空都不存在影响。

　　在接下来的日本官房长官藤村修的临时记者会上，藤村修也强调，情况还在调查中，但可以确定对日本没有影响，呼吁国民冷静地对待和照常生活。日本警察厅也宣布，未发现日本国内受到任何损失。

　　日本时间9时许，日本防卫省有消息称，朝鲜从位于西部的东仓里发射中心向南的方向发射了卫星，卫星在发射到120公里的高空时，发生了爆炸，卫星被炸成4个碎片，并坠入了朝鲜半岛西侧的黄海附近。

　　而与日本国内媒体密切关注的状态相比，身在朝鲜平壤报道这次火箭发射的日本记者却没有任何反应。日本NHK电视台记者被朝鲜邀请前往平壤观看卫星发射，可在13日早上发射后，朝鲜方面一度没有任何表态。

　　虽然本次朝鲜发射卫星事件并未给日本带来负面影响，但是因为日本政府在发射早期没能尽快掌握消息，从而造成了混乱，也遭到了众多批评。

　　《冲绳日报》称，韩国和美国政府在朝鲜发射卫星的同时就发表了速报，而日本政府30分钟以后才有反应。而首当其冲应该批评的是直接责任方防卫省，防卫大臣田中直纪在发射30分钟后才召开记者会，且宣布“不会影响日本”后，就草草结束了不到一分钟的记者会，全然不顾记者对于消息来源的质疑就掉头离场。